A estrutura funcional do CMC corresponde a objectivos definidos em matéria de Investigação e Desenvolvimento do sector da Aquicultura Marinha na Região Autónoma da Madeira.
Para tal, na organização interna do CMC destacam-se as seguintes áreas de actuação:
- Apoio técnico a pisciculturas privadas
- Investigação aplicada à Aquicultura
- Maternidade e produção de juvenis
- Apoio à frota de pesca e repovoamentos marinhos
- Formação profissional